אביגדור קלנר הינו בעל תואר ראשון בכלכלה וסטטיסטיקה ותואר שני במינהל עסקים, שניהם מהאוניברסיטה העברית בירושלים. כמו כן הוא בוגר קורס ניהול בכיר באוניברסיטת הרווארד.