
את רוב שנות הקריירה העיתונאית שלו עשה מרגלית בעיתון "הארץ". הוא התחיל את דרכו שם ככתב צעיר, שימש ככתב מדיני בין השנים 1969-1974, נשלח ככתב בארה"ב ולבסוף שימש ככתב העיתון בכנסת וכפובליציסט. מרגלית אחראי לפרסום חשיפות כמו פרשת חשבון הדולרים של לאה רבין, חשיפה שהביאה להתפטרותו של רבין מהממשלה ב - 1977, פרסם מאמארים על פרשת העלמותם של ילדי תימן (1966), חשף עסקת נשק סודית בין ארה"ב לישראל (1976), ועוד חשיפות בלעדיות.
ב - 1991, עם רכישת מקסוול את "מעריב", עזב מרגלית את הארץ ועבר ל"מעריב".