הנשיאות

ב- 21 בספטמבר 1993 פעל ילצין בניגוד לחוקה הסובייטית; הוא פיזר את הקונגרס והכריז על בחירות חדשות.

בתגובה התקוממו פעילים קומוניסטים ונסיון הפיכה אשר אירע ב- 3 באוקטובר, דוכא בקושי על-ידי הצבא, אשר נותר נאמן לילצין.

ב- 12 בדצמבר נערכו הבחירות לפרלמנט ומשאל עם לאישור החוקה החדשה. החוקה, אשר הגדילה את סמכויות הנשיא, עברה ברוב זעום. עם זאת, בפרלמנט החדש היו הרפורמיסטים של ילצין מיעוט, ותלותו של ילצין בדומא, ובפרט במפלגת הרוב בלאומנית של ולדינמיר זירינובסקי, גדלה.

בדצמבר 1994 שלח ילצין כוחות רוסים לצ'צ'ניה, אשר התנתקה מרוסיה עוד ב- 1991. באביב 1995 השתלטו כוחות רוסים על גרוזני, בירת צ'צניה והרגו אלפי אזרחים.
הקטל גרר ביקורת בינלאומית וביקורת מבית.
יתרה מכך, נמצא שהצבא הרוסי, לא יכול לכוחות הגרילה הבדלנים הצ'צניים והדבר פגע בפופולאריות של ילצין.

יחסי החוץ של רוסיה התערערו גם הם, כאשר ניצב ילצין עויין מול ארה"ב במהלך המלחמה האזרחית במדינות היוגוסלביות לשעבר.

ביוני 1996 סבל ילצין מהתקף לב רביעי (הוא לקה משני התקפים במהלך 1995). שמועות אודות בריאותו הרופפת נפוצו ברחבי רוסיה והעולם.

גורמים אלו איימו על סיכוייו של ילצין להבחר שנית. ואולם בבחירות יולי 1996 גבר ילצין על המועמד הקומונידטי גנאדי זיגאנוב (Zyuganov).

בנובמבר עבר ניתוח מעקפים.

בינואר 1997 נסוגו הכוחות הרוסים מצ'צניה.

הפיאסקו בצ'צניה, בהתווסף לשמועות על בריאותו הרופפת של הנשיא, הביאו לנסיון הדחה על-ידי הדומא. הניסיון נכשל.

ב- 1998 פיטר ילצין את כל חברי הקבינט המדיני.

בראשית 1999 נעשה ניסיון שני להדיח את ילצין באמצעות הדומא. בין ההאשמות שהוטחו בו היתה "אשמת פירוק ברה"מ" ב- 1991.

באוגוסט 1999 חזרו הכוחות הרוסים לצ'צניה, כאשר פלשו מורדים איסלאמים לדגסטאן (Dagestan). אלא שגם כאן, נאלצו הרוסים לסגת.

ב- 31 בדצמבר 1999 התפטר ילצין להפתעתם של פרשנים רבים. הוא מינה לו יורש, את ולדימיר פוטין, אשר בתמורה, העניק לו חסינות דיפלומטית למשך שארית ימיו.