לאחר הפרישה מהאצ"ל התנהל מאבק על מחסני הנשק. בהעדר תמיכה ציבורית בארגון הוא נותר ללא מקורות הכנסה לקיום המחתרת ומימון נשק ואמצעי לחימה.
בפברואר 1942 באה על הלח"י המהלומה הקשה ביותר. מקום מחבואו של יאיר שטרן אותר ע"י המשטרה הבריטית והוא נכבל ונורה.
רדיפות המשטרה אחר חברי הארגון גברו ורבים נאסרו או הסגירו את עצמם לאחר שלא יכלו לעמוד עוד ברדיפות ברעב ובסכנת המוות המרחפת מעל ראשיהם. הלח"י חוסל כמעט לחלוטין.