לאחר הניצחון באבוקיר מונה נלסון לסגן מפקד הצי הבריטי.
הוא התחתן עם לידי המילטון , ולאחר שניצח ב-1801 את הצי הדני (זאת לאחר שנלחם למרות שמפקדו, האדמירל פארקר, הורה לו לסגת).
כאשר החליט נפוליאון לכבוש את בריטניה שנתיים אחר כך, הטיל נלסון מצור על הנמלים בצד הצרפתי של תעלת לה מאנש. במשך שנתיים לא הצליחו הצרפתים להקים ארמדה שתנסה לצלוח את התעלה, ומשעשו כן הם הובסו על ידי נלסון.
ב-21 באוקטובר 1805 זכה נלסון בנצחונו הסופי על הארמדה הצרפתית כאשר הביס אותה בקרב טראפלגאר. ואולם בעיצומו של הקרב נהרג נלסון על גבי "ליברטי", ספינת הדגל.
משנקבר בכנסיית סנט פול שבלונדון, הוא הפך לגיבור הבריטי המהולל והנערץ ביותר במאה ה-19.
לזכרו של אדמירל נלסון הוקמה אנדרטה בדמותו בכיכר טרפלגר שבמרכז לונדון.